Los genes huérfanos son genes que no tienen similitud de secuencia significativa con genes conocidos de otras especies o linajes. La identificación y caracterización se han vuelto más factibles con la creciente disponibilidad de transcriptomas y secuencias genómicas de plantas. Juegan roles importantes en la respuesta a estreses bióticos y abióticos, contribuyendo a funciones biológicas y rasgos específicos de linaje. Este estudio tuvo como objetivo identificar y caracterizar en (cilantro) utilizando el método BLAST. Se identificaron un total de 941 genes, 1298 genes específicos de Apiaceae y 38,508 genes evolutivamente conservados a través de la genómica comparativa. Los análisis de características génicas revelaron que, aunque forman parte de diferentes conjuntos de genes, tenían longitudes de genes más cortas, una menor proporción de genes multi-exón y un mayor contenido de GC que otros. Los genes se distribuyeron en los 11 cromosomas, con la mayor proporción de genes específicos encontrados en el cromosoma A11. El análisis de RNA-Seq reveló 71 genes expresados de manera única en cuatro tejidos diferentes, 61 expresados específicamente en tres etapas de crecimiento y cinco con patrones de expresión específicos en diferentes tejidos y etapas de crecimiento. Notablemente, como se determinó a través del análisis de qRT-PCR, estos cinco presentaron patrones de expresión generales o específicos bajo condiciones normales, pero su expresión aumentó significativamente después de la exposición al estrés por frío, lo que sugiere que pueden desempeñar un papel crítico en la respuesta al estrés por frío. Este estudio identificó, caracterizó y analizó de manera integral la expresión de genes en cilantro, lo que proporciona una base para futuras investigaciones sobre las funciones del cilantro en la formación de rasgos específicos de especies y la respuesta al estrés.