La H-ATPasa de la membrana plasmática (PM) de las plantas funciona como una fuerza motriz de protones al exportar protones celulares para establecer un gradiente químico transmembrana de iones H y un gradiente eléctrico acompañante. Estos gradientes son cruciales para el crecimiento y desarrollo de las plantas y para las respuestas de las plantas a estrés abiótico y biótico. En este estudio, se realizó una identificación exhaustiva de la familia de genes de H-ATPasa PM en cuatro especies de algodón. Específicamente, se identificaron 14 genes en las especies diploides, mientras que se identificaron 39 y 43 genes en las especies tetraploides, respectivamente. Las características de esta familia de genes se compararon y analizaron utilizando bioinformática. La localización cromosómica y los análisis de colinealidad elucidaron las características de distribución de esta familia de genes dentro de los genomas de algodón. El análisis de la estructura de los genes y los análisis filogenéticos demostraron la conservación de esta familia entre las especies de algodón, mientras que el examen de elementos reguladores en los promotores de los genes destacó su participación en categorías de respuesta al estrés ambiental y a hormonas. Un análisis del perfil de expresión reveló ocho genes cuya expresión se reguló al alza bajo condiciones de estrés salino, y los resultados de PCR cuantitativa en tiempo real sugirieron que los genes H-ATPasa PM de algodón pueden desempeñar roles cruciales en conferir resistencia al estrés salino. Estos hallazgos establecen una base sólida para investigaciones posteriores sobre las funciones de los genes H-ATPasa PM de algodón y pueden ofrecer valiosos conocimientos para la selección de genes para programas de mejoramiento de resistencia.