La fructosa-1,6-bisfosfatasa (FBP) es una enzima reguladora crucial en la síntesis de sacarosa y la asimilación de carbono fotosintético, funcionando a través de dos isoformas distintas: FBP citosólica (cyFBP) y FBP cloroplástica (cpFBP). Sin embargo, la identificación y caracterización funcional de genes en sigue siendo limitada. En este estudio, realizamos una identificación sistemática y análisis de genómica comparativa en tres especies. Además, examinamos sus patrones de expresión en las zonas de desarrollo foliar, perfiles espaciotemporales y respuestas a ritmos diurnos y tratamientos hormonales. Nuestro análisis identificó 95 genes, incluidos 44 y 51. Los análisis comparativos revelaron una divergencia significativa en propiedades fisicoquímicas, estructuras genéticas y composiciones de motivos entre las dos isoformas. El perfil de expresión indicó que tanto como fueron predominantemente expresados en hojas, particularmente en zonas en maduración y maduras. Durante los ciclos diurnos, su expresión alcanzó su punto máximo alrededor de la transición noche-día, con mostrando picos más tempranos que . en mostró una mayor sensibilidad diurna que aquellos en . Los tratamientos hormonales revelaron además una divergencia reguladora significativa en genes, tanto entre isoformas como entre especies. Notablemente, _ y _ miembros exhibieron consistentemente niveles de expresión más altos en todos los conjuntos de datos, sugiriendo sus roles fundamentales en la fisiología de la caña de azúcar. Estos hallazgos no solo identifican genes potenciales objetivo para mejorar la acumulación de sacarosa, sino que también destacan el valor de cría de y en la cría de caña de azúcar.