La sandía es una de las frutas favoritas de las personas a nivel mundial. El tamaño de la fruta es una de las características importantes de la calidad de la fruta. La baja luminosidad puede afectar seriamente el desarrollo de la fruta, pero no ha habido informes sobre el análisis del mecanismo molecular en las sandías involucradas en la expansión de la fruta bajo estrés de baja luminosidad. Para entender este mecanismo, se estudió el archivo transcriptómico comparativo de la pulpa de la fruta de sandía en cuatro etapas de desarrollo diferentes bajo diferentes niveles de luz. Los resultados mostraron que el tamaño de la fruta y el contenido de azúcares solubles y aminoácidos bajo estrés de baja luminosidad disminuyeron significativamente en comparación con el control. Además, de 0 a 15 DAP fue el período de rápida expansión de la fruta de sandía afectada por la sombra. En total, se identificaron 8837 genes expresados diferencialmente (GEDs) y se encontró que 55 GEDs desempeñaron un papel en las cuatro diferentes etapas tempranas de desarrollo de la fruta. También encontramos que los genes relacionados con la oxidación-reducción, los metabolitos secundarios, el metabolismo de carbohidratos y aminoácidos y la regulación transcripcional desempeñaron un papel clave en la expansión de la fruta de sandía bajo estrés de baja luminosidad. Este estudio proporciona una base para investigar las funciones de los genes responsables de la respuesta al estrés de baja luminosidad y el mecanismo molecular de los efectos del estrés de baja luminosidad en la expansión de la fruta de sandía.