El estrés por sequía afecta la productividad de las plantas al alterar las respuestas de las plantas a niveles morfológicos, fisiológicos y moleculares. En este estudio, identificamos respuestas fisiológicas y genéticas en los clones híbridos 72-30 y 72-31 después de 12 días de exposición al tratamiento de sequía. Después de 12 días de tratamiento de sequía, los niveles de glucosa, fructosa y sacarosa aumentaron significativamente en el clon 72-30 bajo estrés por sequía. Los valores de Fv/Fo y Fv/Fm en ambos clones también disminuyeron bajo estrés por sequía. Los cambios en los niveles de prolina, malondialdehído y HO fueron significativos y más pronunciados en el clon 72-30 que en el clon 72-31. Las actividades de las enzimas relacionadas con los antioxidantes, como la catalasa y la ascorbato peroxidasa, fueron significativamente más altas en el clon 72-31. Para identificar genes relacionados con la sequía, realizamos un análisis transcriptómico en hojas de x expuestas al estrés por sequía. Encontramos 883 genes regulados al alza y 305 regulados a la baja en el clon 72-30 y 279 y 303 en el clon 72-31, respectivamente. Estos genes expresados diferencialmente estaban principalmente en vías sintéticas relacionadas con la prolina, el ácido abscísico y los antioxidantes. En general, el clon 72-31 mostró mejor tolerancia a la sequía que el clon 72-30 bajo estrés por sequía, y los cambios genéticos también mostraron patrones diferentes.