El análisis serial del transcriptoma revela genes asociados con la resistencia al tizón tardío en la variedad de papa Qingshu 9
Autores: He, Miaomiao; Zhou, Yun; Ye, Guangji; Zheng, Jie; Meng, Yuling; Wang, Jian; Shan, Weixing
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
El análisis serial del transcriptoma revela genes asociados con la resistencia al tizón tardío en la variedad de papa Qingshu 9
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Tizón tardío
Producción de papas
Genes relacionados con la resistencia
Dinámica transcriptómica
Genes diferencialmente expresados
Resistencia a enfermedades
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 24
Citaciones: Sin citaciones
La tizón tardía causada por () ha sido una gran limitación para la producción sostenible de papas a nivel mundial. El cultivar de papa chino Qingshu 9 ha mostrado un excelente rendimiento en el campo contra la tizón tardía. Para comprender el mecanismo subyacente de su resistencia, se investigaron sistemáticamente las dinámicas transcriptómicas de Qingshu 9 infectadas con para identificar los genes relacionados con la resistencia. En total, se identificaron 2027 genes diferencialmente expresados compartidos (DEGs) cuando se infectaron a las 24, 48 y 72 h post-inoculación. Basado en el análisis de agrupamiento k-mean, los DEGs mostraron cuatro tipos de patrones de expresión, sugiriendo sus funciones divergentes en respuesta a la infección. El análisis de enriquecimiento KEGG mostró que los DEGs significativamente enriquecidos estaban involucrados en la biosíntesis de metabolitos secundarios, la interacción planta-patógeno y la fotosíntesis. Además, se encontraron 980 genes de factores de transcripción pertenecientes a 68 familias en los DEGs, de los cuales los genes AP2-EREBP y MYB eran los más abundantes. Además, muchos genes relacionados con la resistencia a enfermedades mostraron expresión diferencial durante la infección. Finalmente, la expresión de nueve DEGs fue validada por PCR cuantitativa en tiempo real. Estos resultados proporcionan información valiosa para comprender la resistencia tardía en el cultivar de papa Qingshu 9.
Descripción
La tizón tardía causada por () ha sido una gran limitación para la producción sostenible de papas a nivel mundial. El cultivar de papa chino Qingshu 9 ha mostrado un excelente rendimiento en el campo contra la tizón tardía. Para comprender el mecanismo subyacente de su resistencia, se investigaron sistemáticamente las dinámicas transcriptómicas de Qingshu 9 infectadas con para identificar los genes relacionados con la resistencia. En total, se identificaron 2027 genes diferencialmente expresados compartidos (DEGs) cuando se infectaron a las 24, 48 y 72 h post-inoculación. Basado en el análisis de agrupamiento k-mean, los DEGs mostraron cuatro tipos de patrones de expresión, sugiriendo sus funciones divergentes en respuesta a la infección. El análisis de enriquecimiento KEGG mostró que los DEGs significativamente enriquecidos estaban involucrados en la biosíntesis de metabolitos secundarios, la interacción planta-patógeno y la fotosíntesis. Además, se encontraron 980 genes de factores de transcripción pertenecientes a 68 familias en los DEGs, de los cuales los genes AP2-EREBP y MYB eran los más abundantes. Además, muchos genes relacionados con la resistencia a enfermedades mostraron expresión diferencial durante la infección. Finalmente, la expresión de nueve DEGs fue validada por PCR cuantitativa en tiempo real. Estos resultados proporcionan información valiosa para comprender la resistencia tardía en el cultivar de papa Qingshu 9.