El cromosoma 5R del centeno (L.) contiene algunos genes de élite que se pueden usar para mejorar los cultivares de trigo. En este estudio, se obtuvo un conjunto de líneas de disección 5R, y se desarrollaron 111 nuevos marcadores específicos de 5R basados en PCR utilizando el método de secuenciación de fragmentos amplificados de longitud específica (SLAF-seq). Los 111 marcadores se combinaron con los 52 marcadores específicos de 5R previamente reportados, y 65 andamios Lo7 se mapearon físicamente en seis regiones del cromosoma 5R utilizando las líneas de disección 5R. Además, el brazo 5RL llevaba el(los) gen(es) de resistencia al óxido de la cebada y se localizaba en la región L2, la misma región donde se mapearon 22 marcadores específicos de 5R y 11 andamios Lo7. El(los) gen(es) de resistencia al óxido de la cebada ubicados en el brazo 5RL podrían ser nuevos porque su origen y ubicación son diferentes de los reportados previamente, y enriquecen la fuente de resistencia al óxido de la cebada para los programas de mejoramiento de trigo. Los marcadores y los andamios Lo7 que se mapearon en las seis regiones del cromosoma 5R pueden facilitar la utilización de genes de élite en el cromosoma 5R en la mejora de los cultivares de trigo.