La oxidasa de poliaminas (PAO) es una enzima importante que funciona en el catabolismo de las poliaminas. Aunque se han estudiado las PAOs de plantas en varias especies, hay una falta de investigación sobre esta familia de genes en la soja (L.), uno de los principales cultivos alimentarios a nivel mundial. Aquí, un análisis a nivel genómico identificó 16 de la soja, que estaban distribuidos de manera desigual en nueve cromosomas de soja y luego fueron clasificados filogenéticamente en tres grupos. El análisis de colinealidad identificó 17 pares de genes duplicados de la familia, y sus valores de Ka/Ks fueron todos menores que uno, lo que indica que la familia ha experimentado selección purificadora durante la evolución. Los análisis del motivo conservado y la estructura del gen revelaron las diferencias de secuencia entre los GmPAOs de los tres grupos, lo que sugiere su diferenciación funcional. Además, la predicción de la estructura secundaria y terciaria de los GmPAOs proporcionó una base adicional para revelar sus funciones biológicas. Se descubrieron varios elementos reguladores relevantes para el desarrollo, fitohormonas y respuesta al estrés en las regiones promotoras de los, que podrían ser responsables de sus diversidades funcionales. El análisis del patrón de expresión indicó que más de la mitad de los mostraron preferencia en flores, dos mostraron especificidad en tallo y meristemo apical de brote, mientras que cuatro apenas se expresaron en todas las muestras. El perfil de expresión de los también reveló que estaban involucrados en la respuesta a estreses abióticos, incluyendo frío, sequía y especialmente estrés por sumersión. Todos estos resultados sientan una base importante para caracterizar más a fondo los roles funcionales de en el desarrollo de la soja y la respuesta a estreses abióticos.