El pez roca negro es un teleóste vivíparo típico, que pertenece a la familia Scorpaenidae. Debido a su alto valor económico y ecológico, ha sido ampliamente cultivado en países de Asia Oriental. Con el aumento de la escala de cultivo, las enfermedades bacterianas y virales se han convertido en las principales amenazas para la industria de la acuicultura, lo que ha resultado en pérdidas económicas significativas. En este estudio, se aplicaron colectivamente tecnologías de secuenciación de escopeta de Illumina, secuenciación de molécula única en tiempo real (SMRT), 10x genómica y captura de conformación cromosómica de alto rendimiento (Hi-C) para ensamblar el genoma. Luego, identificamos los genes de péptidos antimicrobianos (AMPs) en el genoma. En total, se identificaron 214 AMPs en el genoma, que se pueden dividir en 33 clases según la anotación y catalogación de la Base de Datos de Péptidos Antimicrobianos (APD3). Entre estos AMPs, el péptido C-terminal derivado de trombina (TCP) fue el tipo dominante, seguido de RegIIIgamma y quimiocina. Las secuencias de aminoácidos del TCP, cgUbiquitina, RegIIIalpha, RegIIIgamma y quimiocina compartieron similitudes del 32.55%, 42.63%, 29.87%, 28.09% y 32.15% entre el mismo tipo. Mientras tanto, se investigaron los patrones de expresión de estos AMPs en nueve tejidos sanos y en diferentes puntos de tiempo de infección en el intestino. Los resultados mostraron que el número y los tipos de AMPs que respondieron a la infección aumentaron gradualmente a medida que la infección progresaba. Además, analizamos las relaciones filogenéticas de las hepcidinas en teleósteos. La identificación de AMPs basada en el genoma completo podría proporcionar una base de datos integral de AMPs potenciales y beneficiar la comprensión de los mecanismos moleculares de las respuestas inmunitarias a la infección. Esto ofrecería además perspectivas para un diseño y desarrollo precisos y efectivos de AMPs para la terapia de acuicultura en el futuro.