Como clase de factores de transcripción de dedos de zinc, las proteínas B-box (BBX) desempeñan diversos roles en numerosos procesos biológicos, y han sido identificadas en una serie de especies de plantas en los últimos años. Sin embargo, los roles de los genes en la regulación del crecimiento y la respuesta al estrés del pepino aún no han sido establecidos. Aquí, se identificaron un total de 22 genes de la familia a través de un análisis de los datos genómicos más recientes del pepino, los cuales fueron clasificados en cinco grupos (I-V) en función de sus características filogenéticas y el número de dominios B-box y dominios CCT. Los genes estaban distribuidos de manera desigual en los siete cromosomas del pepino, y se encontró que la duplicación segmentaria desempeñaba un papel significativo en la expansión de la familia génica del pepino. El análisis de la estructura génica y la composición de motivos sugirió que los CsBBXs evolutivamente cercanos tienen una composición de motivos conservados y una estructura génica similar. La mayoría de los genes poseían de 1 a 3 intrones, y la ganancia de intrones en lugar de la pérdida de intrones podría contribuir a las diferentes estructuras de genes en los diferentes grupos durante su evolución. El análisis del promotor reveló la presencia de 13 tipos de elementos -reguladores relacionados con hormonas y nueve tipos de elementos -reguladores relacionados con el estrés en las regiones promotoras de estos genes. El análisis de expresión a través de RNA-seq y qRT-PCR sugirió que los genes exhiben una expresión diferencial en diferentes tejidos y en respuesta a diversos estreses abióticos y bióticos. Este trabajo constituye un punto de partida para revelar más a fondo la función de los genes y arroja luz sobre el potencial mecanismo molecular de resistencia al estrés en el pepino.