La pera es un fruto accesorio importante en el cual el núcleo de la pera es más ácido que la pulpa de la pera. Sin embargo, la razón de la acidez del núcleo y la diversidad en el sabor del mismo fruto no está clara. En este estudio, observamos que los contenidos de citrato eran tres veces más altos en el núcleo que en la pulpa, mientras que el contenido de malato disminuyó a lo largo del desarrollo del fruto y fue significativamente menor en el núcleo que en la pulpa a los 110 días después de la floración. Los niveles generales de transcripción de genes relacionados con la síntesis de citrato-malato aumentaron más en el núcleo de la pera que en la pulpa al inicio del desarrollo del fruto, mientras que la actividad de los genes relacionados con la degradación fue casi similar o no significativa entre el núcleo y la pulpa durante el desarrollo del fruto. La menor acumulación de malato en el núcleo de la pera en comparación con la pulpa a los 110 DAF posiblemente se debió a la actividad reducida del gen. En cuanto a la acumulación de citrato, identificamos cinco genes importantes de la H-ATPasa de tipo p en pera y encontramos que el nivel de expresión relativa del gen era cuatro veces mayor en el núcleo que en la pulpa durante el desarrollo del fruto. Además, el nivel de expresión del gen portador de dicarboxilato 2 fue constantemente y significativamente mayor en el núcleo que en la pulpa. Además, el análisis de correlación significó que los niveles de transcripción de los dos genes estaban positiva y significativamente correlacionados con los contenidos de citrato. Estos resultados sugirieron que la actividad aumentada y colaborativa de y jugaron un papel clave en la mayor acumulación de citrato en el núcleo que en la pulpa, por lo tanto, con la ayuda de herramientas de mejoramiento molecular, los contenidos de citrato pueden optimizarse en la pera para diversificar y mejorar el sabor del fruto.