Las semillas de cupuaçu ( [Willd. ex Sprengel] Schumann) constituyen la materia prima para la extracción de aceite y la fabricación de un producto similar al chocolate. Sin embargo, enfermedades fúngicas como la escoba de bruja han interferido con el desarrollo a gran escala de plantaciones de cupuaçu. Los programas de mejoramiento genético de cupuaçu se centran en una variedad de herramientas o enfoques biotecnológicos para seleccionar genes relacionados con la calidad o mecanismos de resistencia. En este estudio, utilizamos análisis de expresión e interactómica de genes preseleccionados involucrados en la calidad de la fruta y/o resistencia para comprender mejor los mecanismos moleculares y fisiológicos asociados con estos procesos de la planta. Se encontró que (i) genotipos de cupuaçu resistentes y susceptibles mostraron diferentes características de pulpa, así como patrones de expresión génica; (ii) las vías de transporte de monosacáridos y carbohidratos se potenciaron durante la maduración de la fruta; (iii) la acumulación de azúcares participó en la transducción de señales asociadas con el desarrollo de la fruta y la respuesta al estrés en frutos en maduración; y (iv) la pulpa y las semillas en maduración mostraron un aumento en el metabolismo y translocación de fosfolípidos, así como la activación del sistema inmunológico. Los genes , , , y en cupuaçu y los ortólogos de DIN10, CNI1 y TET8 identificados mediante el enfoque interactómico pueden ser buenos candidatos para la selección asistida por marcadores en programas de mejoramiento que se centran tanto en la calidad de la fruta como en la resistencia/tolerancia al estrés biótico/abiótico.