Los carotenoides en goji (L.) tienen excelentes beneficios para la salud, pero el mecanismo subyacente de la síntesis de carotenoides y la formación de color en la maduración del fruto de goji aún no está claro. El presente estudio utiliza transcriptómica y metabolómica para investigar las diferencias en la biosíntesis de carotenoides y la formación de color en N1 (fruto rojo) y N1Y (fruto amarillo) en tres etapas de maduración. Se identificaron veintisiete carotenoides en los frutos N1 y N1Y durante los períodos M1, M2 y M3, siendo los períodos M2 y M3 críticos para la diferencia en carotenoides y color entre los frutos N1 y N1Y. El análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA), el análisis de tendencias génicas y el análisis de correlación sugieren que pueden ser jugadores importantes en la síntesis de carotenoides durante la maduración del fruto de goji. Mientras tanto, se identificaron 63 factores de transcripción (TFs) relacionados con la biosíntesis de carotenoides en el fruto de goji. Entre ellos, cuatro TFs pueden tener relaciones regulatorias potenciales con y. Este trabajo arroja luz sobre la red molecular de síntesis de carotenoides y explica las diferencias en la acumulación de carotenoides en diferentes frutos de goji de colores.