Los tricomas son órganos especializados ubicados en la epidermis de la planta que desempeñan importantes funciones de defensa contra estrés biótico y abiótico. Sin embargo, los mecanismos que regulan el desarrollo de los tricomas epidérmicos en el pimiento y los genes reguladores relacionados a nivel molecular no están claros. Por lo tanto, realizamos análisis de transcriptoma de A114 (menos tricomas) y A115 (más tricomas) para profundizar en los genes involucrados en los mecanismos regulatorios del desarrollo de tricomas epidérmicos en los pimientos. En este estudio, se encontró que la densidad de tricomas epidérmicos de A115 era mayor mediante observación fenotípica y fue más alta en las hojas en la etapa de floración. Se cuantificaron un total de 39,261 genes mediante RNA-Seq, incluyendo 11,939 genes no anotados en el análisis genómico previo y 18,833 genes expresados diferencialmente. Basado en el enriquecimiento funcional de KEGG, se encontró que los DEGs estaban principalmente concentrados en tres vías: interacción planta-patógeno, vía de señalización MAPK-planta y transducción de señales de hormonas vegetales. Además, seleccionamos los DEGs asociados con el desarrollo de tricomas epidérmicos en pimientos, y la expresión de los genes de señalización vegetal (Capana03g003488) y (Capana09g001847), los factores de transcripción (Capana05g002225) y (Capana04g001261), y los genes de resistencia vegetal (Capana09g002077) y (Capana08g001721) en los DEGs fue mayor en A115 en comparación con A114, y se expresaron en alta cantidad en las hojas en la etapa de floración. Además, basado en los resultados de WGCNA y el establecimiento de redes de coexpresión, se mostró que los genes mencionados estaban altamente correlacionados positivamente entre sí. Los datos y el análisis transcriptómico de este estudio proporcionan una base para el estudio de los mecanismos regulatorios de los tricomas epidérmicos del pimiento.