La carpa común es una de las especies de acuicultura más importantes en China, conocida por su notable adaptabilidad y perfil nutricional. Sin embargo, los mecanismos de respuesta molecular específicos que regulan la deposición nutricional de la carpa siguen sin estar adecuadamente elucidado. Este estudio realizó un análisis exhaustivo del contenido nutricional del músculo y de los datos del transcriptoma de los tejidos del hígado y del músculo de tres variedades distintas de carpa. El objetivo era elucidar los genes clave y las vías de señalización que regulan la composición nutricional del músculo en la carpa. Los hallazgos revelaron que la carpa FFRC (FFRC) exhibió niveles significativamente más altos de grasa cruda, ácidos grasos poliinsaturados totales n-3 y ácidos grasos poliinsaturados totales n-6 en el tejido muscular en comparación con la carpa Ying (YC) y la carpa Huanghe (HC) ( < 0.05). Los análisis transcriptómicos correlacionaron estos niveles elevados con una marcada regulación al alza de genes involucrados en la activación y transporte de ácidos grasos, así como en la biosíntesis y elongación de ácidos grasos insaturados de cadena larga dentro del hígado. Además, el contenido de aminoácidos saborizantes, aminoácidos esenciales y proteína cruda en el músculo de la HC fue significativamente mayor que en la FFRC y la YC ( < 0.05). Los análisis transcriptómicos indicaron que esto estaba asociado con cambios significativos en la expresión de genes relacionados con el metabolismo de aminoácidos dentro de su tejido muscular. Esta investigación proporciona una base teórica para la modulación precisa de la composición nutricional del músculo en la carpa.