Existen diferencias en la deposición de lípidos en patos de tipo graso (FT) y de tipo magro (LT). Los patos grasos tienen una mayor tasa de sebo y grasa abdominal, menor rendimiento de carne y contenido de lípidos hepáticos que los patos LT. Sin embargo, los cambios subyacentes en los perfiles de expresión génica con respecto a la deposición de lípidos entre los patos FT y LT aún no han sido aclarados. Para identificar los genes diferencialmente expresados en el hígado, el sebo y la grasa abdominal entre ambos patos, identificamos los perfiles de expresión génica en el hígado, el sebo y la grasa abdominal derivados de los patos FT y LT mediante la comparación de los transcriptomas multietapa. Nuestros resultados mostraron que había 622, 1536 y 224 genes diferencialmente expresados (DEGs) en el hígado, el sebo y la grasa abdominal entre los patos FT y LT, respectivamente. La enriquecimiento de KEGG mostró que los DEGs relacionados con el metabolismo de lípidos estaban enriquecidos en la biosíntesis de ácidos grasos insaturados, metabolismo de glicerolípidos y ácidos grasos en el hígado; y estaban enriquecidos en el metabolismo de ácidos grasos, biosíntesis de ácidos grasos, metabolismo de glicerolípidos, metabolismo del ácido linoleico y la vía de señalización de PPAR en el sebo. No hubo ninguna vía relacionada con el metabolismo de lípidos enriquecido en la grasa abdominal. Un análisis funcional de genes mostró que los DEGs involucrados en la adipogénesis se encontraron sobreexpresados. En contraste, aquellos involucrados en la lipólisis estaban subexpresados en el hígado y el suero de los patos FT. Los DEGs mostraron que la subfamilia G del miembro 8 de la familia de transportadores de la ATP unida (), la sintasa de ácidos grasos (), y la proteína de transferencia de fosfolípidos () se expresaron en gran medida en el hígado de los patos FT, y el miembro 3 de la familia de sintetasas de acil-CoA de cadena larga (), , , la alfa de la 1-acil-sn-glicerol-3-fosfato aciltransferasa (), , la elongasa 6 de ácidos grasos ELOVL (), la desaturasa 1 de ácidos grasos (), FADS2, la monoacilglicerol O-aciltransferasa 1 (), la serina/treonina quinasa 17a (), y la serina/treonina quinasa 39 (STK39) se expresaron en gran medida en el sebo de los patos FT. Un análisis de red de correlación ponderada (WGCNA) de los DEGs mostró , , , y correlacionados positivamente con la síntesis de ácidos grasos hepáticos, y , , , , y correlacionados positivamente con la deposición de lípidos en el sebo. En resumen, podría ser el gen clave para la reducción de la deposición de lípidos hepáticos en los patos Pekín FT, y , , , , , , , y fueron los genes clave para la deposición de lípidos en el sebo de los patos Pekín FT. Nuestros resultados brindan nuevas perspectivas sobre la regulación del transcriptoma en la deposición de lípidos de los patos Pekín y serán útiles para la cría de patos.