El ciruelo europeo es uno de los frutos de hueso más importantes cultivados en todo el mundo. Sin embargo, su producción se ve significativamente afectada por la enfermedad fúngica de la podredumbre parda, causada por patógenos del género spp., que amenazan el cultivo durante todo el período de vegetación. Este estudio tuvo como objetivo evaluar visualmente la resistencia y susceptibilidad a la podredumbre parda en el ciruelo europeo y realizar el secuenciamiento completo del genoma (WGS) de cultivares e híbridos seleccionados cultivados en Lituania, con el objetivo de identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) candidatos asociados con la respuesta a la enfermedad. Se realizó WGS para 20 cultivares e híbridos de ciruelo europeo con perfiles conocidos de resistencia o susceptibilidad, generando más de 1,4 millones de SNPs. Estos SNPs se filtraron para identificar variantes genéticas asociadas con la enfermedad de la podredumbre parda. Se encontraron tres SNPs candidatos que estaban significativamente asociados con la respuesta a la enfermedad (ubicados en los cromosomas G5 y G8) y uno vinculado a la susceptibilidad (en el cromosoma G5). Los SNPs identificados se encontraban en genes que codifican enzimas de la familia de la alcohol deshidrogenasa (cultivares resistentes, cromosoma G5) y enzimas de la familia de la beta-glucosidasa (variantes encontradas tanto en cultivares resistentes como susceptibles, cromosoma G5), que son importantes para la respuesta de las plantas al estrés biótico. Los hallazgos de este estudio proporcionan una base valiosa para el desarrollo de marcadores moleculares para identificar cultivares resistentes y susceptibles y pueden informar sobre futuros programas de mejora del ciruelo europeo.