La resistencia metabólica de las plantas a los herbicidas es similar al proceso de metabolismo de herbicidas acelerado por los protectores de cultivos. La tolerancia al fenoxaprop-P-etilo (FE) es distinta entre las diferentes variedades de arroz en las que la fitotoxicidad se forma fácilmente, lo que resulta en el uso restringido de FE en arrozales. El protector de cultivos resuelve efectivamente este problema. Este estudio mostró que el arroz 9311 y Meixiangzhan No. 2 (MXZ) tenían diferentes mecanismos de tolerancia a FE. El hidrolisato de isoxadifen-etilo (IH) alivió la inhibición del crecimiento del arroz por FE. El secuenciamiento del transcriptoma reveló numerosos genes diferencialmente expresados (DEGs) entre las dos variedades. Un total de 31 genes de enzimas metabólicas relacionadas con la detoxificación de herbicidas fueron seleccionados mediante el análisis de los DEGs en diferentes variedades de arroz o tratamientos. Los resultados de la reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa cuantitativa indicaron que 12 genes eran posibles genes metabólicos resistentes a FE en el arroz. Además, se confirmó que la expresión aumentada de , , y fue inducida por el protector de cultivos. En conjunto, nuestros resultados demostraron que la expresión inducida de estos tres genes podría ser crucial para la resistencia a la fitotoxicidad de herbicidas en cultivos. Estos resultados pueden ayudarnos a comprender el metabolismo de herbicidas en cultivos y a desarrollar nuevas estrategias para el uso seguro de herbicidas.