La berenjena es un cultivo vegetal de gran importancia y se cultiva extensamente en todo el mundo. El color de los sépalos se considera uno de los principales rasgos comerciales de la berenjena. Los sépalos de la berenjena se desarrollan a partir de los pétalos y tienen la capacidad de cambiar de color al acumular antocianinas, pero no se sabe si los sépalos de berenjena y sus vías biosintéticas son las mismas que las de los pétalos. Hasta la fecha, se conoce poco sobre los mecanismos subyacentes a la formación del color de los sépalos. En este estudio, realizamos un análisis de segregación masiva y secuenciación del transcriptoma utilizando sépalos de berenjena y obtuvimos 1,452,898 SNPs y 182,543 marcadores InDel, respectivamente, así como 123.65 Gb de datos limpios mediante secuenciación del transcriptoma. A través de la selección de marcadores, los genes que regulan los sépalos de berenjena se localizaron en un intervalo de 2.6 cM en el cromosoma 10 mediante análisis de segregación masiva y secuenciación del transcriptoma y co-análisis, combinado con la selección de marcadores moleculares mediante electroforesis capilar. Luego se seleccionaron ocho posibles genes candidatos para interpretar mejor los incentivos regulatorios del color de los sépalos de berenjena.