Los factores de transcripción de dedos de zinc de la planta B-BOX (BBX) desempeñan roles cruciales en el crecimiento y desarrollo, así como en la respuesta al estrés. Aunque la familia BBX ha sido caracterizada en varias plantas, aún falta un análisis sistemático en la sandía. En este estudio, se identificaron 25 genes de sandía. Los ClBBXs se agruparon en cinco clados (Clado I, II, III, IV y V) basados en sus dominios conservados y relaciones filogenéticas. La mayoría de los ClBBXs (84%) podrían estar localizados en los núcleos o en el citoplasma. La clasificación de los ClBBXs fue consistente con sus estructuras genéticas. Estuvieron distribuidos de manera desigual en nueve cromosomas, excepto en Chr4 y Chr10, siendo Chr2 el que tenía el mayor número de seis miembros. Las duplicaciones segmentarias fueron el principal factor en la expansión de la familia. Algunos de los genes de sandía evolucionaron a partir de un ancestro común. En total, se descubrieron 254 elementos hormonales y de respuesta al estrés en los promotores. Se expresaron de manera diferencial en los tejidos, y los niveles de expresión de algunos fueron más altos en los tejidos aéreos que en las raíces, mientras que los patrones de otros fueron opuestos. Con ácido salicílico, metil jasmonato y condiciones de estrés por sal, 17, 18 y 18 mostraron cambios significativos en la expresión, respectivamente. Además, muchos otros, incluidos algunos específicos, también respondieron al estrés por frío y osmótico. En resumen, la respuesta simultánea de múltiples factores a hormonas o estrés abiótico sugiere que pueden tener interacciones funcionales en la red de hormonas del estrés. Aclarar los roles de los ClBBXs clave en la regulación transcripcional y en la mediación de interacciones proteicas será una tarea importante. Nuestra caracterización integral de la familia ClBBX de la sandía proporciona pistas vitales para el análisis en profundidad de sus funciones biológicas en las vías de señalización de estrés y hormonas.