Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de la Familia de Genes de Aldehído Deshidrogenasa (ALDH) en Melón en Respuesta a Estrés Abiótico y Biótico
Autores: Yang, Dekun; Chen, Hongli; Zhang, Yu; Wang, Yan; Zhai, Yongqi; Xu, Gang; Ding, Qiangqiang; Wang, Mingxia; Zhang, Qi-an; Lu, Xiaomin; Yan, Congsheng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de la Familia de Genes de Aldehído Deshidrogenasa (ALDH) en Melón en Respuesta a Estrés Abiótico y Biótico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Integración
Información genómica
Datos de secuenciación del transcriptoma
Métodos bioinformáticos
Familia de genes ALDH
Melón
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
A través de la integración de información genómica, datos de secuenciación del transcriptoma y métodos bioinformáticos, realizamos una identificación exhaustiva de la familia de genes ALDH en el melón. Exploramos el impacto de esta familia de genes en el crecimiento y desarrollo del melón, así como sus patrones de expresión en varios tejidos y bajo diferentes condiciones de estrés. Nuestro estudio descubrió un total de 17 genes ALDH distribuidos en los cromosomas 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 11 y 12 en el genoma del melón. A través de un análisis filogenético, estos genes fueron clasificados en 10 subfamilias distintas. Notablemente, los genes dentro de la misma subfamilia exhibieron estructuras genéticas consistentes y motivos conservados. Nuestro estudio descubrió un par de duplicaciones fragmentarias dentro del gen ALDH del melón. Además, hubo una relación de colinealidad notable entre el gen ALDH del melón y el de (12 veces), y el arroz (3 veces). La reanálisis de datos del transcriptoma reveló que algunos genes ALDH se expresaron consistentemente de manera alta en todos los tejidos y etapas de desarrollo, mientras que otros fueron específicos de tejido o etapa. Analizamos los patrones de expresión del gen ALDH bajo seis tipos de estrés, a saber, sal, frío, encharcamiento, oídio, marchitez y pudrición del tallo gomoso. Los resultados mostraron una expresión diferencial de y bajo todas las condiciones de estrés, lo que significa sus roles cruciales en el crecimiento del melón y la respuesta al estrés. El análisis de RT-qPCR (PCR cuantitativa de transcripción inversa) corroboró aún más estos hallazgos. Este estudio allana el camino para futuras mejoras genéticas en la cría molecular del melón.
Descripción
A través de la integración de información genómica, datos de secuenciación del transcriptoma y métodos bioinformáticos, realizamos una identificación exhaustiva de la familia de genes ALDH en el melón. Exploramos el impacto de esta familia de genes en el crecimiento y desarrollo del melón, así como sus patrones de expresión en varios tejidos y bajo diferentes condiciones de estrés. Nuestro estudio descubrió un total de 17 genes ALDH distribuidos en los cromosomas 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 11 y 12 en el genoma del melón. A través de un análisis filogenético, estos genes fueron clasificados en 10 subfamilias distintas. Notablemente, los genes dentro de la misma subfamilia exhibieron estructuras genéticas consistentes y motivos conservados. Nuestro estudio descubrió un par de duplicaciones fragmentarias dentro del gen ALDH del melón. Además, hubo una relación de colinealidad notable entre el gen ALDH del melón y el de (12 veces), y el arroz (3 veces). La reanálisis de datos del transcriptoma reveló que algunos genes ALDH se expresaron consistentemente de manera alta en todos los tejidos y etapas de desarrollo, mientras que otros fueron específicos de tejido o etapa. Analizamos los patrones de expresión del gen ALDH bajo seis tipos de estrés, a saber, sal, frío, encharcamiento, oídio, marchitez y pudrición del tallo gomoso. Los resultados mostraron una expresión diferencial de y bajo todas las condiciones de estrés, lo que significa sus roles cruciales en el crecimiento del melón y la respuesta al estrés. El análisis de RT-qPCR (PCR cuantitativa de transcripción inversa) corroboró aún más estos hallazgos. Este estudio allana el camino para futuras mejoras genéticas en la cría molecular del melón.