La selección genómica y los estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) son herramientas poderosas para mejorar la producción de leche, la fertilidad y los rasgos de salud en el ganado lechero. Aunque estos métodos se han aplicado con éxito a poblaciones de raza pura en los Estados Unidos y Europa, su efectividad en el ganado lechero cruzado, particularmente en regiones tropicales como Tailandia, sigue siendo menos explorada. Identificar los genes pleiotrópicos que influyen en múltiples rasgos económicamente importantes puede mejorar las estrategias de selección genética. Este estudio evaluó el potencial de la predicción lineal mejor ajustada de un solo paso genómica ponderada (wssGBLUP) para mejorar la precisión del GEBV en comparación con el GBLUP de un solo paso estándar (ssGBLUP) y aplicó un wssGWAS para identificar marcadores genéticos clave para la producción (rendimiento de leche a 305 días), la fertilidad (días abiertos) y los rasgos de salud (relación grasa-proteína) en ganado lechero cruzado Thai-Holstein. Se necesita más investigación para validar estos hallazgos y optimizar los programas de cría para sistemas lecheros tropicales.