El grado en que se puede lograr conjuntamente el mantenimiento de los stocks de carbono (C) y la diversidad de árboles en paisajes de producción es objeto de debate. Los stocks de C en los bosques disminuyen por la tala antes de que se vea afectada la diversidad de árboles, mientras que los stocks de C en plantaciones de árboles en monocultivo aumentan, pero la diversidad no. La agroforestería puede romper este patrón de histéresis, relevante para políticas en busca de sinergia. Comparamos los stocks totales de C y la diversidad de árboles entre bosques degradados, agrobosques complejos de cacao/árboles frutales, agroforestería de cacao con árboles de sombra simples, cacao en monocultivo y cultivos anuales en el distrito de Konawe, en el sureste de Sulawesi, Indonesia. Evaluamos las preferencias de los agricultores por los árboles y el valor de utilidad del sistema para 40 agricultores (hombres y mujeres). La mayor diversidad de árboles (índice de Shannon-Wiener H 2.36) y los stocks de C (282 Mg C ha-1) se encontraron en el bosque degradado, seguido por los sistemas de agroforestería basados en cacao (el índice H osciló entre 0.58-0.93 con stocks de C de 75-89 Mg ha-1). Los agricultores hombres seleccionaron especies de árboles maderables y frutales con beneficios económicos como árboles de sombra, mientras que las agricultoras prefirieron la producción para necesidades del hogar (árboles frutales y verduras). Los stocks de carbono y la diversidad de árboles estaban positivamente relacionados (R2 = 0.72). Al agregar datos de toda Indonesia (n = 102), los sistemas de agroforestería tuvieron una posición intermedia entre la disminución del bosque y las respuestas de reforestación. Mantener la agroforestería en el paisaje permite stocks de C en la parte aérea de hasta 50 Mg ha-1 y reduce la pérdida de biodiversidad. La agroforestería facilita la mitigación del cambio climático y los objetivos de biodiversidad para ser abordados simultáneamente en paisajes de producción sostenibles.