Las malas hierbas causan la mayor pérdida de rendimiento en la producción de soja. El desarrollo de germoplasma de soja resistente a herbicidas es de gran importancia para el control de malas hierbas y la mejora del rendimiento. En este estudio, utilizamos el editor de bases de citosina (BE3) para desarrollar soja resistente a herbicidas. Hemos introducido con éxito sustituciones de bases y obtenido una soja libre de transgenes heredable con la mutación homocigota P180S en GmAHAS4. Los mutantes GmAHAS4 P180S tienen una resistencia evidente a chlorsulfuron, flucarbazona-sódica y flumetsulam. En particular, la resistencia a chlorsulfuron fue más de 100 veces mayor que la del tipo silvestre TL-1. El rendimiento agronómico de los mutantes GmAHAS4 P180S no mostró diferencias significativas con TL-1 en condiciones de crecimiento natural. Además, desarrollamos marcadores PCR específicos de alelos para los mutantes GmAHAS4 P180S, que pueden discriminar fácilmente entre mutantes homocigotos, heterocigotos y plantas de tipo silvestre. Este estudio demuestra una forma factible y efectiva de generar soja resistente a herbicidas utilizando la edición de bases mediada por CRISPR/Cas9.