La nutria gigante (Pteronura brasiliensis) es un mamífero acuático de la familia Mustelidae, endémico de Sudamérica. Su distribución original abarca la región desde las Guyanas hasta el centro-norte de Argentina, pero está extinta o al borde de la extinción en la mayor parte de su área de distribución histórica. Actualmente, la especie está considerada en peligro de extinción por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN). Con base en su distribución geográfica en Sudamérica y en algunas características morfológicas, se sugirieron dos subespecies: P. brasiliensis brasiliensis, presente en las cuencas de los ríos Amazonas y Orinoco, y P. brasiliensis paranensis, en las cuencas de los ríos Paraná y Paraguay. Sin embargo, no existe consenso sobre esta división en subespecies y no se han realizado estudios detallados para dilucidar esta cuestión. Este estudio tiene como objetivo evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de Pteronura brasiliensis a lo largo de su distribución en Brasil para comprobar la posibilidad de la existencia de dos subespecies distintas, utilizando también un criterio de monofilia recíproca. Se analizó la región de control y los genes de las subunidades I de la citocromo b y la citocromo c oxidasa del ADN mitocondrial en varias poblaciones de nutria gigante de las cuencas de los ríos Amazonas y Paraguay. Los análisis han indicado cierto grado de correlación geográfica y un alto nivel de divergencia interpoblacional, aunque la división en subespecies no está suficientemente respaldada. Dado que se observó una sólida estructura poblacional, no se puede descartar la existencia de otras divisiones que definan la distribución de la especie. Los resultados sugieren que P. brasiliensis presenta una estructura poblacional más compleja, y que las prácticas de conservación deberían centrarse en preservar todas las poblaciones locales restantes.