El transportador de amonio 1 (AMT1), un miembro de las proteínas de transporte de amoníaco (NH/NH), ha demostrado tener actividad de transporte de amoníaco en plantas y microorganismos. Sin embargo, las características funcionales y los mecanismos moleculares de AMT1 en moluscos siguen siendo poco claros. La almeja navaja es una especie modelo adecuada para explorar el mecanismo molecular de la excreción de amoníaco debido a la alta concentración de amoníaco ambiental a la que está expuesta en el sistema de policultivo de almejas, peces y camarones. Aquí, se identificó la expresión de AMT1 en respuesta al estrés por alta concentración de amoníaco (12.85 mmol/L NHCl) mediante PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR), Western blotting, interferencia de ARN y análisis de inmunofluorescencia. Además, se validó la asociación entre el SNP_g.15211125A > T relacionado con la tolerancia al amoníaco mediante PCR específica de alelos competitivos (KASP). Se observó una expresión significativamente aumentada de Sc-AMT1 durante la exposición al amoníaco, y se encontró que Sc-AMT1 estaba localizado en las células planas de las branquias. Además, la interferencia con Sc-AMT1 aumentó significativamente los niveles de amoníaco en la hemolinfa, acompañada por el aumento de la expresión de ARNm de la glicoproteína Rhesus (Rh). En conjunto, nuestros hallazgos implican que AMT1 puede ser un contribuyente principal a la excreción de amoníaco en la almeja navaja, que es la base de su capacidad para habitar aguas bentónicas con altos niveles de amoníaco.