Los genes de avirulencia del hongo ascomiceto filamentoso son conocidos por mutar rápidamente bajo una mayor presión de selección, lo que permite al patógeno evadir el reconocimiento por los genes de arroz. Comprender la distribución geográfica y la variación natural de los genes es fundamental para la utilización racional y la prolongación de la efectividad de los genes. En este estudio, un total de 1060 cepas recolectadas de 19 viveros de arroz en 13 provincias del sur de China fueron sometidas a análisis de variación de presencia/ausencia (PAV), variación genética y virulencia del gen. Los resultados de la amplificación por PCR indicaron que el gen estaba presente en solo el 57.45% de las cepas de blast, con una variación geográfica significativa en la frecuencia de distribución. Específicamente, la frecuencia más alta (100%) se observó en cepas de Chengmai, Hainan, mientras que la más baja (1.79%) se observó en cepas de Baoshan, Yunnan. Un análisis de secuenciación identificó 29 haplotipos, caracterizados por inserciones, eliminaciones y sustituciones de bases. Un análisis filogenético indicó que los haplotipos identificados en este estudio se agruparon en un clado. Un análisis adicional de la secuencia de aminoácidos de estos haplotipos llevó a la identificación de 25 variantes de proteínas. Notablemente, cuatro haplotipos mostraron patogenicidad hacia su correspondiente gen de arroz. Además, realizamos un perfil de alelos en una colección de líneas parentales élite que se utilizan ampliamente en la mejora del arroz en el sur de China y encontramos que los alelos funcionales representaron más del 70%.