La soja es un cultivo de leguminosas rico en proteínas y aceite. La fijación simbiótica de nitrógeno juega un papel importante en el crecimiento de la soja. Los efectores de tipo III como NopT y NopP son factores de señalización importantes para el establecimiento de la simbiosis en la soja. En este estudio, el análisis de la nodulación en la soja después de la inoculación con HH103OhmNopT, HH103OhmNopP y HH103OhmNopT&NopP indicó la intercomunicación entre NopT y NopP. Además, nuestro objetivo fue identificar los genes de la soja involucrados en la vía que subyace a la intercomunicación entre NopT y NopP mediante el análisis de RNA-seq. Cinco de los genes candidatos identificados fueron confirmados como inducidos por NopT y NopP. La expresión aumentó significativamente en mayor medida que la de los otros cuatro genes después de que la soja fue inoculada con HH103OhmNopT, HH103OhmNopP o HH103OhmNopT&NopP. La interacción entre NopT y GmPBS1 fue confirmada mediante complementación de fluorescencia bimolecular. Finalmente, el análisis de la nodulación después de la sobreexpresión de GmPBS1 en las raíces pilosas indica que GmPBS1 puede regular el efecto negativo de NopP en la nodulación, y esta regulación está relacionada con NopT. En conjunto, nuestros resultados sugirieron que durante la nodulación en la soja, NopT y NopP tienen una red de intercomunicación y son los genes centrales.