El análisis genómico integrado identifica el gen ANKRD36 como un biomarcador novedoso y común de la progresión de la enfermedad en la leucemia mieloide crónica
Autores: Iqbal, Zafar; Absar, Muhammad; Akhtar, Tanveer; Aleem, Aamer; Jameel, Abid; Basit, Sulman; Ullah, Anhar; Afzal, Sibtain; Ramzan, Khushnooda; Rasool, Mahmood; Karim, Sajjad; Mirza, Zeenat; Iqbal, Mudassar; AlMajed, Maryam; AlShehab, Buthinah; AlMukhaylid, Sarah; AlMutairi, Nouf; Al-anazi, Nawaf; Sabar, Muhammad Farooq; Arshad, Muhammad; Asif, Muhammad; Shammas, Masood; Mahmood, Amer
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
El análisis genómico integrado identifica el gen ANKRD36 como un biomarcador novedoso y común de la progresión de la enfermedad en la leucemia mieloide crónica
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Leucemia mieloide crónica
BCR-ABL
Inhibidores de la tirosina quinasa
Biomarcadores
Secuenciación de todo el exoma
ANKRD36
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 20
Citaciones: Sin citaciones
La leucemia mieloide crónica (LMC) se inicia en la médula ósea debido a la translocación cromosómica t(9;22), lo que lleva a la fusión del oncogén BCR-ABL. El objetivo de BCR-ABL mediante inhibidores de la tirosina quinasa (ITQ) ha transformado la LMC fatal en una enfermedad casi curable. A pesar de eso, los ITQ pierden su efectividad debido a la progresión de la enfermedad. Desafortunadamente, el mecanismo de progresión de la LMC se entiende poco y no hay biomarcadores comunes para la progresión de la LMC. Este estudio se llevó a cabo para encontrar nuevos biomarcadores de la progresión de la LMC mediante la secuenciación del exoma completo (SEC). Se realizó SEC en pacientes con LMC en fase acelerada (PA) y crisis blástica (CB), con pacientes con LMC en fase crónica (PC-LMC) como control. Después de la preparación de la biblioteca de ADN y el enriquecimiento del exoma, se llevaron a cabo la agrupación y la secuenciación utilizando plataformas Illumina. El análisis estadístico se realizó utilizando el software SAS/STAT versión 9.4, y se empleó el paquete R para encontrar mutaciones compartidas exclusivamente por todos los pacientes con LMC PA/CB. La confirmación de las mutaciones se llevó a cabo utilizando secuenciación Sanger y modelado de la estructura de proteínas utilizando I-TASSER, seguido de la generación de mutantes y visualización utilizando PyMOL. Tres genes nuevos (ANKRD36, ANKRD36B y PRSS3) fueron mutados exclusivamente en todos los pacientes con LMC PA/CB. Solo se confirmaron las mutaciones del gen ANKRD36 (c.1183_1184 delGC y c.1187_1185 dupTT) mediante secuenciación Sanger. Los estudios de modelado de proteínas mostraron que las mutaciones inducen cambios estructurales en la proteína ANKRD36. Nuestros estudios muestran que ANKRD36 es un biomarcador común potencial y un objetivo terapéutico de la progresión temprana de la LMC. ANKRD36 aún no está caracterizado en humanos. Tiene la mayor expresión en la médula ósea, específicamente en células mieloides. Recomendamos llevar a cabo más estudios para explorar el papel de ANKRD36 en la biología y progresión de la LMC.
Descripción
La leucemia mieloide crónica (LMC) se inicia en la médula ósea debido a la translocación cromosómica t(9;22), lo que lleva a la fusión del oncogén BCR-ABL. El objetivo de BCR-ABL mediante inhibidores de la tirosina quinasa (ITQ) ha transformado la LMC fatal en una enfermedad casi curable. A pesar de eso, los ITQ pierden su efectividad debido a la progresión de la enfermedad. Desafortunadamente, el mecanismo de progresión de la LMC se entiende poco y no hay biomarcadores comunes para la progresión de la LMC. Este estudio se llevó a cabo para encontrar nuevos biomarcadores de la progresión de la LMC mediante la secuenciación del exoma completo (SEC). Se realizó SEC en pacientes con LMC en fase acelerada (PA) y crisis blástica (CB), con pacientes con LMC en fase crónica (PC-LMC) como control. Después de la preparación de la biblioteca de ADN y el enriquecimiento del exoma, se llevaron a cabo la agrupación y la secuenciación utilizando plataformas Illumina. El análisis estadístico se realizó utilizando el software SAS/STAT versión 9.4, y se empleó el paquete R para encontrar mutaciones compartidas exclusivamente por todos los pacientes con LMC PA/CB. La confirmación de las mutaciones se llevó a cabo utilizando secuenciación Sanger y modelado de la estructura de proteínas utilizando I-TASSER, seguido de la generación de mutantes y visualización utilizando PyMOL. Tres genes nuevos (ANKRD36, ANKRD36B y PRSS3) fueron mutados exclusivamente en todos los pacientes con LMC PA/CB. Solo se confirmaron las mutaciones del gen ANKRD36 (c.1183_1184 delGC y c.1187_1185 dupTT) mediante secuenciación Sanger. Los estudios de modelado de proteínas mostraron que las mutaciones inducen cambios estructurales en la proteína ANKRD36. Nuestros estudios muestran que ANKRD36 es un biomarcador común potencial y un objetivo terapéutico de la progresión temprana de la LMC. ANKRD36 aún no está caracterizado en humanos. Tiene la mayor expresión en la médula ósea, específicamente en células mieloides. Recomendamos llevar a cabo más estudios para explorar el papel de ANKRD36 en la biología y progresión de la LMC.