El ganado amarillo de Hainan es un ganado Zebu indígena del sur de China, conocido por su tolerancia al calor y su fuerte resistencia a enfermedades. Generaciones de adaptación al entorno tropical del sur de China y décadas de cría artificial han dejado señales de selección identificables en su composición genómica. Sin embargo, la información sobre las firmas de selección del ganado amarillo de Hainan es escasa. En este estudio, comparamos los genomas del ganado amarillo de Hainan con los de las razas de ganado Zebu, Qinchuan, Nanyang y Yanbian mediante el método de razón de verosimilitud compuesta (CLR), el método de D de Tajima y la identificación de tramos de homocigosidad (ROHs), cada uno de los cuales puede proporcionar evidencia de los genes responsables de la tolerancia al calor en el ganado amarillo de Hainan. Los resultados mostraron que se seleccionaron 5210, 1972 y 1290 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) mediante el método CLR, el método de D de Tajima y el método ROH, respectivamente. Se identificaron un total de 453, 450 y 325 genes, respectivamente, cerca de estos SNPs. Estos genes se enriquecieron significativamente en 65 términos funcionales de Gene Ontology (GO) y 11 vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) (corregido < 0.05). Cinco genes: Adenosilhomocisteinasa-like 2, miembro C3 de la familia de proteínas de choque térmico DnaJ (Hsp40), miembro 1A de la familia de proteínas de choque térmico A (Hsp70), molécula CD53 y dominio de dedo de zinc y BTB que contiene 12, fueron reconocidos como genes candidatos asociados con la tolerancia al calor. Después de una verificación funcional adicional de estos genes, los resultados de la investigación pueden beneficiar la comprensión del mecanismo genético de la tolerancia al calor en el ganado amarillo de Hainan, lo que sienta las bases para estudios posteriores sobre el estrés térmico en esta raza.