Los lechones de bajo rendimiento que reciben sustitutos de leche comerciales no se benefician de los galacto-oligosacáridos probióticos que se encuentran de forma natural en la leche de la cerda. Los objetivos del estudio fueron investigar los efectos de un sustituto de leche completo suplementado con galacto-oligosacáridos sobre el microbioma, la arquitectura intestinal y la expresión de células caliciformes inmunomoduladoras en lechones de bajo rendimiento que podrían beneficiarse de la alimentación con sustitutos de leche al ser separados de las cerdas y alojados con hermanos sanos en corrales controlados ambientalmente. El estudio es novedoso en el sentido de que es uno de los primeros en investigar los efectos de la suplementación de un sustituto de leche completo con galacto-oligosacáridos en lechones de bajo rendimiento. Se recolectaron muestras del tracto gastrointestinal de los lechones y se evaluó la composición del microbioma mediante secuenciación del gen del ARN ribosómico 16s. Las características arquitectónicas del intestino, la relación vellosidad/criptas y la enumeración de células caliciformes en los tejidos se evaluaron mediante técnicas histopatológicas. Los taxones más abundantes identificados a nivel de género fueron , , , y . El sustituto de leche más galacto-oligosacáridos mejoró significativamente las características arquitectónicas del intestino y la relación vellosidad/criptas a lo largo del tracto gastrointestinal, aumentó el número de células caliciformes y reveló una abundancia diferencial de bacterias probióticas beneficiosas, particularmente y . En este sentido, el sustituto de leche suplementado con galacto-oligosacáridos puede ser una adición útil a la ganadería en animales de bajo rendimiento y que no prosperan cuando son trasladados a corrales controlados ambientalmente, lejos de las cerdas y hermanos sanos, modulando así el microbioma y el rendimiento del tracto gastrointestinal.