El género pertenece a la única familia y es el único género dentro del orden Aquifoliales, exhibiendo una diversidad fenotípica significativa. Sin embargo, las diferencias genéticas que subyacen a estas variaciones fenotípicas rara vez han sido estudiadas. En este estudio, los análisis de colinealidad de tres genomas, Thunb., (Hand.-Mazz.) S. Y. Hu y Champ. ex Benth., indicaron un evento de fusión reciente que contribuyó a la reducción de cromosomas en . Los análisis comparativos de genomas mostraron ligeras diferencias en la anotación de genes entre las tres especies, lo que implica una mínima interrupción de genes tras la fusión cromosómica en . La anotación exhaustiva de elementos transponibles (ETs) reveló que los ETs constituyen una parte significativa de los genomas, siendo los transposones LTR predominantes. Los ETs mostraron una relación inversa con la densidad de genes, lo que podría influir en la regulación génica y la arquitectura cromosómica. Se demostró que las inserciones de ETs afectan la conformación y los sitios de unión de genes clave como la glucosiltransferasa 7-deoxiloganetina y los genes de quinasa de membrana (TMK), destacando posibles impactos funcionales. Las variaciones estructurales causadas por las inserciones de ETs sugieren roles significativos en la dinámica evolutiva, llevando a la pérdida o ganancia de función génica. Este estudio subraya la importancia de los ETs en la configuración del paisaje genómico y las trayectorias evolutivas de las especies.