Los transportadores de multidrogas y compuestos tóxicos (MATE) son proteínas antiguas conservadas entre varios reinos, desde procariontes hasta eucariontes. En las plantas, generalmente forman una gran familia en el genoma. Los transportadores MATE homólogos tienen diferentes localizaciones subcelulares, especificidades de sustrato y respuestas a estímulos externos para diferenciaciones funcionales. Los sustratos de los MATEs en las plantas incluyen polifenoles, alcaloides, fitohormonas y quelatos de iones. La acumulación de estos sustratos a menudo se asocia con rasgos agronómicos favorables como colores de semillas y frutas, el equilibrio entre la dormancia y la germinación, el sabor y la adaptabilidad al estrés. En los cultivos, los germoplasmas silvestres y los germoplasmas domesticados suelen tener rasgos agronómicos contrastantes como color de semilla, sabor de semilla y tolerancia al estrés. Los transportadores MATE están involucrados en la regulación de estos rasgos. En esta revisión, discutimos la singularidad y la importancia de que exista una gran familia de MATEs en las plantas, su diversidad de sustratos que les permite estar involucrados en varios rasgos agronómicos, y las formas alélicas y los patrones de expresión que están asociados con rasgos agronómicos favorables en cultivos domesticados. La comprensión de los roles de los MATEs en la regulación de rasgos agronómicos favorables en los cultivos proporcionará pistas para la selección de genes para la cría molecular que mejora rasgos deseables.