En la acuicultura, el estrés puede afectar negativamente el crecimiento de los peces. Durante años, se ha pensado que la hormona cortisol desempeña funciones tanto glucocorticoides como mineralocorticoides. Sin embargo, investigaciones recientes han sugerido que el 11-deoxicorticosterona (DOC) liberada durante el estrés podría contribuir a las acciones del cortisol, aunque este proceso aún se comprende mal. Aquí, evaluamos los efectos del DOC en las respuestas fisiológicas y transcripcionales tempranas mediante RNA-seq. Alevines de trucha arcoíris fueron tratados con DOC y/o antagonistas de receptores de glucocorticoides (mifepristona) o mineralocorticoides (eplerenona). Posteriormente, se recogió plasma y se generaron bibliotecas de cDNA a partir de las branquias de los grupos de vehículo (control), DOC, mifepristona, mifepristona con DOC, eplerenona y eplerenona con DOC. Los niveles de calcio y fosfato en plasma cambiaron. Los resultados revelaron 914 transcritos diferencialmente expresados (TDE) inducidos por DOC en comparación con el control, principalmente asociados con el transporte transmembrana de iones de sodio, gluconeogénesis, regulación negativa del transporte transmembrana y activación de la respuesta inmune innata. La comparación entre DOC y eplerenona con DOC mostró 444 TDE relacionados con la organización de uniones célula-célula, glucólisis canónica, regulación positiva de la respuesta inmune y transporte de iones de potasio. Por el contrario, no se detectaron TDE en la comparación entre DOC y mifepristona con DOC. Estos datos sugieren que el DOC tiene un papel relevante en la respuesta al estrés de las branquias y el transporte de iones, que está regulado de manera diferencial por los receptores mineralocorticoides.