La enfermedad del mosaico de la yuca (CMD) es causada por virus como el SLCMV. Representa una amenaza significativa para el rendimiento de la yuca en el sudeste asiático. Aquí, investigamos la expresión de factores de transcripción WRKY en cultivares de yuca infectados por SLCMV, KU 50 (tolerante) y R 11 (susceptible), a los 21, 32 y 67 días post-inoculación (dpi), representando las etapas temprana, media/recuperación y tardía de la infección, respectivamente. Los 34 WRKY identificados se clasificaron en seis grupos según las funciones de sus homólogos en la planta modelo (AtWRKYs): defensa de la planta; desarrollo de la planta; señalización hormonal (ácido abscísico, salicílico y jasmónico); producción de especies reactivas de oxígeno; mecanismos inmunitarios básicos; y otras hormonas, metabolitos y respuestas al estrés abiótico relacionadas. En cuanto a las interacciones proteicas de los WRKY identificados, basándose en las interacciones de sus homólogos (AtWRKYs), los WRKY aumentaron la producción de especies reactivas de oxígeno, lo que llevó a la acumulación de ácido salicílico y resistencia adquirida sistémica (SAR) contra el SLCMV. Además, algunos WRKY estaban involucrados en la señalización de quinasas activadas por mitógenos relacionadas con la defensa y respuestas al estrés abiótico. Además, la interacción entre WRKY reflejó la multiplicación viral restringida de manera robusta en el cultivar tolerante, contribuyendo a la recuperación del CMD. Este estudio destaca los roles cruciales de los WRKY en la reprogramación transcripcional, la inmunidad innata y las respuestas a infecciones por geminivirus en la yuca, proporcionando valiosos conocimientos para mejorar la resistencia a enfermedades en la yuca y, potencialmente, en otros cultivos.