Este estudio evaluó el impacto de diferentes fuentes de fibra en la función intestinal, la microbiota fecal y la salud general en perros. Se utilizaron doce perros en un diseño cruzado, que involucró tres períodos de 6 semanas y tres dietas: una dieta baja en fibra (CTR), una dieta suplementada con fibra de cereales y pulpa de remolacha (BRA), y una dieta suplementada con fibra de frutas (FRU). Cada período incluyó una prueba de digestibilidad y muestreo de heces y sangre en la última semana. Se determinaron ácidos grasos de cadena corta (AGCC) y la taxonomía de la microbiota (16S rRNA Illumina-MiSeq) y funcionalidad (Shotgun-NovaSeq 6000) en las heces. También se analizaron la bioquímica general, las células sanguíneas completas y los subconjuntos de linfocitos. Las dietas suplementadas con fibra mostraron una menor digestibilidad sin cambios significativos en la consistencia fecal. La dieta BRA mostró mayores concentraciones totales de AGCC ( = 0.056), con aumentos en la diversidad alfa y géneros beneficiosos particulares, como , , y . La microbiota BRA también se asoció con una sobreabundancia de genes relacionados con el metabolismo de carbohidratos y aminoácidos. La dieta FRU tuvo un impacto distinto en la composición y funcionalidad de la microbiota, lo que llevó a niveles más altos de linfocitos CD8. Estos hallazgos enfatizan la importancia de seleccionar la fuente de fibra adecuada al formular dietas para perros, ya que puede tener un impacto diferencial en la microbiota intestinal y la salud animal.