La laguna de Guaraíras es una laguna costera somera sujeta a intensos impactos humanos, como la acuicultura de camarón, la expansión urbana y las actividades agrícolas, y por lo tanto es vulnerable a la eutrofización. Con el objetivo de detectar los efectos de las perturbaciones antropogénicas y los cambios ambientales en la laguna, se realizó un estudio espacio-temporal para evaluar el estado ecológico actual de la laguna, así como la composición y densidad de especies del mesozooplancton, destacando los ensambles de copépodos. La biomasa algal (clorofila-a) y la concentración total de fósforo indicaron que la laguna es un sistema costero mesoeutrófico en su parte interior y oligotrófico en las zonas de influencia marina. Se registraron altas salinidades en la laguna, lo que la caracteriza como un ecosistema costero-marino, en lugar de un verdadero estuarino. La abundancia del mesozooplancton fluctuó ampliamente y mostró una marcada heterogeneidad espacial. El ensamble de copépodos se caracterizó por un grupo costero/estuarino dominado por Oithona spp., Acartia lilljeborgi y Parvocalanus crassirostris en las zonas interiores de la laguna, y un grupo marino caracterizado por los copépodos Paracalanus quasimodo, Calanopia americana, Corycaeus (C.) speciosus y Monstrilloida en el área de influencia marina. Por lo tanto, la variabilidad espacial en la distribución de las especies de mesozooplancton puede atribuirse a la presencia de un gradiente horizontal de salinidad y condiciones tróficas. En general, los resultados mostraron que la variación espacial en las características fisicoquímicas del agua de la Laguna de Guarairas tiene efectos significativos en la estructura y distribución de los ensambles de mesozooplancton, lo que podría afectar el funcionamiento y la biodiversidad de este ecosistema costero.