Este trabajo busca establecer frecuencias basales de micronúcleos (MN) y anomalías nucleares (NA) en especies de peces nativos recolectadas in situ en el río Paraná. Para ello, se aplicó la prueba de micronúcleos en eritrocitos de sangre periférica de muestras obtenidas en dos localidades (Posadas y Candelaria, Misiones, Argentina) durante el período 2007-2010. Los resultados se analizaron estadísticamente mediante la prueba de Kruskal Wallis. Se obtuvieron datos de nueve especies de peces, entre las cuales Steindachnerina brevipinna (Characiformes) presentó la mayor frecuencia basal de MN y NA, mostrando diferencias estadísticamente significativas con respecto a las demás especies analizadas. Estos resultados constituyen el primer informe de frecuencias basales de MN y NA para las especies de peces nativos estudiadas y podrían ser útiles para futuras comparaciones con datos de peces pertenecientes a otros ambientes.