La fidelidad de los genomas se garantiza mediante un mecanismo conocido como sistemas de Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR). Se han identificado tres sistemas CRISPR de tipo II (CRISPR1-cas, CRISPR2 y CRISPR3-cas) en aislados de enterococos de muestras clínicas y ambientales. El objetivo de este estudio fue observar la distribución de CRISPR1-cas, CRISPR2 y CRISPR3-cas en cepas no clínicas de Enterococcus faecalis y Enterococcus faecium aislados de muestras fecales y de alimentos, incluyendo animales marinos salvajes. La presencia de CRISPR se evaluó mediante PCR en 120 cepas de enterococos: 67 de E. faecalis y 53 de E. faecium. Este es el primer informe de la presencia del sistema CRISPR en cepas de E. faecalis y E. faecium aisladas de muestras fecales de animales marinos salvajes. Los resultados mostraron que, en cepas no clínicas, las CRISPR se detectaron con mayor frecuencia en E. faecalis que en E. faecium. Además, las frecuencias de CRISPR1-cas y CRISPR2 fueron mayores (60 %) en cepas de E. faecalis aisladas de heces animales, en comparación con las muestras de alimentos. Ambas cepas mostraron bajas frecuencias de CRISPR3-cas (8,95 % y 1,88 %). En conclusión, las diferencias en los hábitats de las especies de enterococos podrían estar relacionadas con los resultados observados en la distribución de los sistemas CRISPR.