Se ha descubierto la fragmentación del genoma mitocondrial (mt) en los cinco parvordes de piojos parásitos (Phthiraptera). Para explorar si los caracteres minicromosomales derivados de la fragmentación del genoma mt son informativos para estudios filogenéticos, secuenciamos los genomas mt de 17 especies de piojos de aves en Menoponidae y Laemobothriidae (Amblycera). Cuatro especies de Menoponidae (sp. 1 ex [chorlo de pico de ostra], sp. 2 ex [avefría enmascarada], sp. 2 ex [gaviota oscura y gaviota crestada], sp. 1 ex [pájaro de jardín de satén]) tienen genomas mt fragmentados, mientras que las otras 13 especies conservan los genomas mt de un solo cromosoma. Las dos especies tienen cinco y seis minicromosomas mt, respectivamente. sp. 2 ex [gaviota oscura y gaviota crestada] tiene dos minicromosomas mt, en contraste con sp. 1 ex [pardela oscura], que tiene un solo cromosoma mt. sp. 1 ex [pájaro de jardín de satén] tiene cuatro minicromosomas mt. Cuando se mapean en la filogenia de Menoponidae y Laemobothriidae, es evidente que la fragmentación del genoma mt ha ocurrido múltiples veces de manera independiente entre las especies de Menoponidae y Laemobothriidae. Encontramos caracteres minucromosomales derivados compartidos entre especies, entre especies y entre y entre diferentes géneros iscnoceros, respectivamente. Concluimos que, si bien la fragmentación del genoma mt como característica general no une a todos los piojos parásitos que tienen esta característica, cada evento independiente de fragmentación del genoma mt produce caracteres minicromosomales que pueden ser informativos para estudios filogenéticos de piojos parásitos a diferentes niveles taxonómicos.