Se utilizó la cromatografía en contracorriente de alto rendimiento (HPCCC) como herramienta para la aislamiento y fraccionamiento de compuestos fenólicos (PCs) en extractos de lías de vino (WL) y orujo de uva (GP). Los sistemas de solventes bifásicos aplicados para la separación por HPCCC fueron -butanol:éter metílico-butílico:acetonitrilo:agua (3:1:1:5) con 0.1% de ácido trifluoroacético (TFA) y -hexano:acetato de etilo:metanol:agua (1:5:1:5). Después de refinar los extractos de etanol:agua de los subproductos de GP y WL mediante extracción con acetato de etilo, este último sistema produjo una fracción enriquecida de la familia menor de flavonoles. Se obtuvieron recuperaciones de 112.9 y 105.9 mg de flavonoles purificados (mirecetina, quercetina, isorhamnetina y kaempferol) en GP y WL, respectivamente, a partir de 500 mg de extracto de acetato de etilo (equivalente a 10 g de subproducto). Las capacidades de fraccionamiento y concentración de HPCCC también se aprovecharon para la caracterización e identificación tentativa de los PCs constitutivos mediante cromatografía líquida de ultra alto rendimiento-espectrometría de masas (UHPLC-MS). Además de la aislamiento de la fracción enriquecida de flavonoles, se identificaron un total de 57 PCs en ambas matrices, 12 de los cuales se informaron por primera vez en WL y/o GP. La aplicación de HPCCC a los extractos de GP y WL puede ser un enfoque poderoso para aislar grandes cantidades de PCs menores. La composición de la fracción aislada demostró diferencias cuantitativas en la composición de compuestos individuales de GP y WL, apoyando la explotación potencial de estas matrices como fuentes de flavonoles específicos para aplicaciones tecnológicas.