La investigación ha demostrado que MTNR1A desempeña un papel esencial en el ciclo de estro y los cambios en la reproducción estacional en las ovejas. Sin embargo, pocas personas se han centrado en la metilación del ADN de MTNR1A por estación o fotoperíodo. En este estudio, utilizando qPCR y Western blotting, medimos la expresión de MTNR1A en el hipotálamo de ovejas ovariectomizadas y tratadas con estradiol (OVX + E2) bajo diferentes condiciones de tratamiento de fotoperíodo. Posteriormente, se identificó el promotor central del gen y se midió su nivel de metilación en ovejas expuestas a diferentes tratamientos de fotoperíodo mediante pirosecuenciación. Los resultados mostraron que la expresión génica difería significativamente entre el fotoperíodo corto de 42 días (SP42) y los grupos de tratamiento LP42 o combinados SP-LP42 (< 0.05). Además, determinamos que la región del promotor central estaba dentro de 540 pb aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción (TSS) y que los niveles de metilación del ADN en los sitios CpG en los grupos SP42 vs. LP42 y SP42 vs. SP-LP42 diferían significativamente. Finalmente, se reveló una correlación negativa significativa (< 0.001) entre la expresión génica y los niveles de metilación del ADN, lo que sugiere que el fotoperíodo puede inducir la metilación del ADN del gen y, por lo tanto, cambiar su expresión. Los hallazgos proporcionan bases valiosas para el estudio posterior de la reproducción estacional en las ovejas.