Numerosos estudios han demostrado el efecto potencial de los agentes bioactivos contra las malas hierbas. En este estudio, desarrollamos dos formulaciones binarias con ácido nonanoico, citral o timoquinona como herbicidas y evaluamos sus propiedades fisicoquímicas. La presencia de los compuestos bioactivos en las formulaciones se confirmó a través de espectroscopia FTIR. Se realizó un estudio de dispersión de luz dinámica para caracterizar las formulaciones emulsionadas y el tamaño y distribución de los agregados. Además, se llevó a cabo un análisis termogravimétrico para asegurar la estabilidad térmica de las formulaciones. Se evaluó la actividad herbicida contra malas hierbas y cada especie mostró diferentes niveles de sensibilidad con dosis de concentración inhibitoria media de 0.07 a 5 mM. Las formulaciones binarias afectaron negativamente al sistema fotosintético reduciendo los valores de Fv/Fm a los 5 días después del tratamiento. Por último, se probó el efecto fitotóxico de las formulaciones en la germinación del trigo, y no inhibieron la germinación de las plantas ni el crecimiento de las plántulas.