Presentamos un análisis cuantitativo de los flujos de fósforo (P) que caracterizan el metabolismo del sistema de producción-consumo de alimentos en un país de bajos ingresos, con deficiencia de alimentos y fósforo, utilizando Comoras, un pequeño estado insular africano, como ejemplo desde el año 2000 hasta 2011. Los datos fueron interpretados en términos de las conexiones entre la producción de cultivos, la cría de ganado, el consumo humano y la reserva de suelo, utilizando el modelo de análisis de flujos de sustancias (SFA). Encontramos que el total de entrada de P en Comoras fue de 132.37 t en 2000 y 270.60 t en 2011, mientras que el total de salida de P fue de 567.40 t en 2000 y 702.29 t en 2011. Los agricultores en Comoras están cultivando con poco o ningún aporte de P, lo que resulta en una deficiencia de P en el suelo; varió de 435.03 t en 2000 a 431.69 t en 2011. Además, las Eficiencias de Uso de Fósforo (PUEs) de la producción vegetal y animal en Comoras fueron del 131.80% y 14%, respectivamente, en 2011. Este es el primer SFA de un estado insular pequeño, y la falta de un ciclo cerrado de P es un problema importante para el país en términos de seguridad de P y esto no ha cambiado entre 2000 y 2011. Este estudio propone soluciones cruciales para mejorar la PUE a través del reciclaje y reutilización de estiércol animal, excreta humana y residuos orgánicos sólidos domésticos.