El embalse de Ibirité es un entorno urbano y eutrófico, con floraciones regulares de cianobacterias. El embalse es cálido y monomíctico y permanece estratificado la mayor parte del año, con circulación en la estación seca (invierno). Durante el ciclo hidrológico de octubre/07 a octubre/08, se presentaron cuatro escenarios con diferentes condiciones ambientales, lo que influyó en la estructura de la comunidad zooplanctónica, como se confirmó en un estudio previo. Se estudiaron los cambios en la estructura de la comunidad zooplanctónica entre los escenarios, con el objetivo de analizar la estabilidad y la persistencia de esta comunidad. Se utilizó el coeficiente de correlación de Spearman para medir la estabilidad; la persistencia se evaluó mediante un análisis de conglomerados y los cambios en la composición de la comunidad se estimaron mediante el índice de diversidad β temporal. Considerando los patrones de distribución de abundancia, la comunidad se mantuvo estable solo en la transición entre los escenarios 1 y 2 (n = 30, r = 0,71, p = 0,00001), cuando no se observaron floraciones de cianobacterias. La persistencia del zooplancton entre los escenarios fue baja, mostrando una composición de especies distinta para cada escenario. Las mayores variaciones en la composición de especies, observadas por los valores del índice de diversidad β temporal, se registraron en las transiciones entre los escenarios 3-0 (1,45) y 0-1 (1,05), y las menores variaciones se registraron en la transición entre los escenarios 1-2 (0,57). Los resultados sugieren que las floraciones de cianobacterias en el embalse de Ibirité actúan como filtros selectivos y, por lo tanto, constituyen perturbaciones con capacidad suficiente para modificar la estructura de la comunidad zooplanctónica.