El enriquecimiento funcional es un método ampliamente utilizado para interpretar resultados experimentales al identificar clases de proteínas/genes asociadas con ciertas funciones biológicas, vías, enfermedades o fenotipos. A pesar de la variedad de herramientas existentes, la mayoría de ellas solo puede procesar una lista a la vez, lo que hace que un análisis más combinatorio sea más complicado y propenso a errores. En este artículo, presentamos FLAME, una herramienta web para combinar múltiples listas antes del análisis de enriquecimiento. Los usuarios pueden subir varias listas y utilizar gráficos UpSet interactivos, como alternativa a los diagramas de Venn, para manejar uniones o intersecciones entre los archivos de entrada dados. El enriquecimiento funcional y de literatura, junto con las conversiones de genes, son ofrecidos por las aplicaciones g:Profiler y aGOtool para 197 organismos. FLAME puede analizar genes/proteínas para artículos relacionados, Ontologías de Genes, vías, anotaciones, motivos regulatorios, dominios, enfermedades y fenotipos, y también puede generar interacciones proteína-proteína derivadas de STRING. Hemos validado FLAME interrogando datos de expresión génica asociados con la sensibilidad de la parte distal del intestino grueso al cáncer de colon impulsado por colitis experimental. FLAME viene con una interfaz interactiva y fácil de usar para una manipulación y exploración sencilla de listas, mientras que los resultados pueden visualizarse como mapas de calor interactivos y parametrizables, gráficos de barras, gráficos de Manhattan, redes y tablas.