Para revelar la distribución y la vía de transmisión de la enfermedad del muérdago de Paulownia (PaWB), que es causada por fitoplasmas relacionados con la variación genética, y la adaptabilidad a los hospedadores y entornos de la población patógena en diferentes regiones geográficas de China, en este estudio utilizamos diez fragmentos de genes de mantenimiento, incluyendo para el tipado de secuencias multilocus (MLST). Se recolectaron un total de 142 cepas de fitoplasma PaWB de 18 provincias o municipios. Los resultados mostraron que la diversidad genética era comparativamente mayor entre las cepas de fitoplasma PaWB, y sustancialmente diferente de la de las otras cepas del subgrupo 16SrI. El número de sitios de variación genética para diferentes genes de mantenimiento en las cepas de fitoplasma PaWB varió de 1 a 14 SNPs. Entre ellos, (1.47%) y (1.12%) presentaron una mayor variación genética, y (0.20%) tuvo la menor variación genética. Los genes y mostraron la fijación de mutaciones beneficiosas seleccionadas positivamente en las poblaciones de fitoplasma PaWB, y todos los genes de mantenimiento excepto siguieron el modelo evolutivo neutral. Encontramos una ausencia de recombinación entre los tipos de secuencia de fitoplasma PaWB (STs) para cada gen de mantenimiento excepto , y no hubo evidencia de tales eventos de recombinación para las secuencias concatenadas de las cepas de fitoplasma PaWB. Se identificaron 22 tipos de secuencia entre las secuencias concatenadas de siete genes de mantenimiento (, , , , , y ) de 105 cepas representativas. Analizamos todos los 22 STs mediante el algoritmo goeBURST, formando dos complejos clonales (CCs) y tres singletones. Entre ellos, ST1, como el fundador principal de CC1, tuvo la distribución geográfica más amplia, representando el 72.38% de todas las cepas, con una alta frecuencia de tipo de secuencia compartido. Los resultados del análisis filogenético de las secuencias concatenadas revelaron además que las 105 cepas se agruparon en dos linajes representativos de fitoplasma PaWB, con una clara diferenciación geográfica. Las cepas ST1 de linaje-1 altamente homogéneo eran una población extendida y predominante en áreas afectadas. El linaje-2 contenía cepas de las provincias de Jiangxi, Fujian y Shaanxi, destacando la estrecha relación genética de las cepas en estas regiones, lo que también fue consistente con los resultados del análisis filogenético de un solo gen de cada gen. También encontramos que la variabilidad en la población del noroeste de China era mayor que en otras poblaciones geográficas; el rango de diferenciación genética entre la población al sur del río Yangtsé y la población de la llanura Huang-huai-hai (o suroeste de China) era relativamente grande. La diversidad y los datos de evolución logrados, así como la técnica MLST, son útiles para estudios epidemiológicos y para guiar las decisiones de control de la enfermedad PaWB.