El estuario del río Perla (PRE) es uno de los sistemas costeros subtropicales más urbanizados del mundo. Presenta un gradiente ambiental típico adecuado para estudiar la dinámica de las comunidades de fitoplancton estuarino y la fisiología fotosintética. En septiembre de 2018, se estudió el rendimiento cuántico fotochemical máximo (/) del fitoplancton en diferentes hábitats de salinidad del PRE (zonas oceánicas, estuarinas y de agua dulce), revelando una correlación compleja con el medio ambiente. / del fitoplancton varió de 0.16 a 0.45, encontrándose que los taxones en la parte superior de Lingdingyang estaban más estresados. La composición y estructura de la comunidad se analizaron utilizando 18S rRNA, acompañado de un análisis de pigmentos utilizado como método complementario. El análisis de escalado multidimensional no métrico indicó diferencias en la distribución espacial del fitoplancton a lo largo de los gradientes estuarinos. Los gráficos de especificidad-ocupación identificaron diferentes taxones especialistas para cada hábitat de salinidad. Dinophyta y Haptophyta fueron los taxones predominantes en áreas oceánicas, mientras que Chlorophyta y Cryptophyta dominaron en agua dulce. Bacillariophyta prevaleció en todos los gradientes de salinidad. El análisis de correlación canónica y las pruebas de Mantel revelaron que la temperatura, la salinidad y los niveles elevados de nutrientes (es decir, NO-N, PO-P y SiO-Si) asociados con actividades antropogénicas influyeron significativamente en la heterogeneidad de la estructura de la comunidad. La distribución espacial del fitoplancton, junto con las características fotosintéticas in situ, sirve como una base fundamental para evaluar la productividad primaria estuarina, así como la función de la comunidad y la salud del ecosistema.