El crecimiento de los brotes florales influye en el rendimiento y la calidad de las semillas; sin embargo, el mecanismo molecular subyacente al desarrollo de los brotes florales en la alfalfa aún no está claro. Aquí, analizamos de manera integral el transcriptoma y el metaboloma dirigido a través de las etapas de desarrollo temprano, medio y tardío de los brotes (D1, D2 y D3) en la alfalfa. Los resultados metabolómicos revelaron que la giberelina (GA), la auxina (IAA), la citoquinina (CK) y el ácido jasmónico (JA) podrían desempeñar un papel esencial en las etapas de desarrollo del brote floral en la alfalfa. Además, identificamos algunos genes clave asociados con la biosíntesis de GA, IAA, CK y JA, incluyendo varios genes. Adicionalmente, se detectaron muchos genes candidatos en las vías de señalización de GA, IAA, CK y JA. Además, se seleccionaron algunos factores de transcripción relacionados con el crecimiento de flores en tres grupos. Los hallazgos de este estudio revelaron el mecanismo potencial de diferenciación y desarrollo de los brotes florales en la alfalfa y establecieron una base teórica para mejorar el rendimiento de semillas de alfalfa.