La segregación sexual aumenta el costo de producción a través de la propagación basada en semillas. Por lo tanto, las técnicas in vitro son una opción atractiva para la propagación clonal, especialmente de plantas hermafroditas. Aquí, realizamos un análisis temporal del proteoma de los callos con el objetivo de identificar los actores clave involucrados en la formación de callos embriogénicos. Los embriones cigóticos maduros utilizados como explantes fueron tratados con 20 M de ácido 2,4-diclorofenoxiacético para inducir el callo embriogénico. Se extrajeron proteínas totales de los explantes en 0 (embrión cigótico) y después de 7, 14 y 21 días de inducción. Se identificaron un total de 1407 proteínas utilizando un enfoque proteómico de abajo hacia arriba. El análisis de agrupamiento reveló cuatro patrones distintos de acumulación de proteínas a lo largo de la inducción del callo. Las proteínas relacionadas con la maduración y almacenamiento de semillas son abundantes en el explante antes de la inducción, disminuyendo a medida que avanza la formación del callo. Los metabolismos de carbohidratos y aminoácidos, la respiración aeróbica y los procesos catabólicos de proteínas se enriquecieron a lo largo de los días de inducción del callo. Las quinasas de proteínas asociadas con respuestas a auxinas, como las proteínas similares a SKP1 1B, se acumularon en respuesta a la inducción del callo. Además, las proteínas regulatorias, incluyendo la histona deacetilasa (HD2C) y argonauta 1 (AGO1), fueron más abundantes a los 7 días, sugiriendo su papel en la adquisición de competencia embriogénica. Las redes de proteínas predichas revelaron el papel regulador de las proteínas 14-3-3 acumuladas durante la inducción del callo y la asociación de proteínas involucradas en la fosforilación oxidativa y la respuesta hormonal. Nuestros hallazgos enfatizan la modulación del proteoma durante la iniciación del callo embriogénico e identifican proteínas regulatorias que podrían estar involucradas en la activación de este proceso.